Pengelolaan sampah yang efektif adalah salah satu prioritas utama dalam menjaga kebersihan dan keberlanjutan kampus. Program pengelolaan sampah di UIN Malang berbasis pada prinsip Reduce, Reuse, Recycle (3R):

• Pengurangan Sampah:
  Kampus mengurangi penggunaan material sekali pakai, seperti plastik, dan menggantinya dengan produk yang dapat digunakan kembali. Program edukasi untuk mengurangi penggunaan botol plastik sekali pakai dan mempromosikan penggunaan tumbler dilakukan di seluruh kampus.

• Daur Ulang Sampah:
  Fasilitas daur ulang sampah tersedia di seluruh area kampus. Sampah yang dihasilkan, baik organik maupun anorganik, dikelola dengan baik melalui proses pemilahan dan daur ulang. Selain itu, kampus juga memiliki kompos untuk mengolah sampah organik menjadi pupuk.

• Pengelolaan Limbah Berbahaya:
  Kampus juga memiliki sistem pengelolaan limbah berbahaya, seperti limbah laboratorium, yang dikelola sesuai standar keselamatan lingkungan untuk mencegah pencemaran.